谷(gu)研(yan)試(shi)劑(ji)-抗原(yuan)性多肽(tai)選(xuan)擇(ze)的原(yuan)則(ze)

                              谷(gu)研(yan)試(shi)劑(ji)-抗原(yuan)性多肽(tai)選(xuan)擇(ze)的原(yuan)則(ze)

. 盡可能(neng)是(shi)在蛋白(bai)表面(mian)
2、保(bao)證該(gai)段序列(lie)不(bu)形成α-helix
3、N,C端的(de)肽(tai)段比(bi)中(zhong)間的(de)肽(tai)段更好(hao)
4、避(bi)免(mian)蛋(dan)白(bai)內部(bu)重復(fu)或接近(jin)重(zhong)復(fu)段的序(xu)列(lie)
5、避免(mian)同(tong)源(yuan)性太強的肽(tai)段
6、交聯可以交聯在N、C兩端，選(xuan)擇依據(ju)就(jiu)是(shi)交聯在對產(chan)生抗體不(bu)太重要的(de)壹端
7、序(xu)列中(zhong)不(bu)能有(you)太多的(de)Pro,但(dan)有(you)壹兩個(ge)Pro有(you)好處，可(ke)以使肽(tai)鏈(lian)結(jie)構(gou)相(xiang)對穩(wen)定(ding)壹些，對產(chan)生特異性抗體有(you)益。

為(wei)了使抗體獲得(de)*效(xiao)果，仔(zai)細(xi)地(di)設(she)計(ji)抗原(yuan)多肽(tai)是(shi)很(hen)有(you)必要(yao)的(de)，設(she)計應(ying)滿(man)足壹個基本(ben)條件(jian)：在免(mian)疫(yi)過(guo)程中(zhong)，該抗原(yuan)既(ji)不(bu)會產(chan)生過(guo)強的(de)免(mian)疫(yi)反(fan)應(ying)，同(tong)時(shi)又(you)能(neng)產(chan)生出(chu)對感(gan)興趣的蛋(dan)白(bai)有(you)結合(he)能(neng)力的抗體。盡管(guan)抗原(yuan)設(she)計是壹個很復(fu)雜的(de)課(ke)題(ti)，有(you)諸(zhu)多需(xu)要(yao)註(zhu)意的細(xi)節(jie)，根(gen)據(ju)我們所積累(lei)的(de)經(jing)驗(yan)，有(you)幾點關鍵(jian)的基(ji)本(ben)設(she)計原(yuan)則(ze)可以提供(gong)給(gei)大(da)家參(can)考(kao)：
、確(que)定(ding)抗體的用(yong)途
新(xin)開展(zhan)壹個研究(jiu)項(xiang)目(mu)，弄清楚(chu)所感(gan)興趣的蛋(dan)白(bai)的壹些基本(ben)特性是很有(you)必要(yao)的(de)，特別是(shi)如果知(zhi)道蛋(dan)白的(de)結構(gou)會(hui)對選擇抗體易(yi)於(yu)接觸(chu)和識(shi)別的(de)識(shi)別區(qu)域有(you)很大(da)的幫助。然而(er)，在沒(mei)有(you)這(zhe)樣的(de)結(jie)構(gou)信(xin)息（多數是這(zhe)種情(qing)況(kuang)）的(de)情(qing)況(kuang)下(xia)，了解(jie)研(yan)究(jiu)的(de)用(yong)途會(hui)影(ying)響(xiang)多肽(tai)設(she)計(ji)的策(ce)略。例(li)如：如果研究重(zhong)點是集(ji)中(zhong)在蛋(dan)白的(de)不(bu)同(tong)區(qu)域，如C端或(huo)N端，或(huo)在壹種特定(ding)狀態(tai)下(xia)的(de)蛋白，如磷(lin)酸化(hua)等，那麽按照所(suo)需(xu)序(xu)列(lie)設(she)計(ji)的(de)多肽(tai)和產(chan)生的(de)相(xiang)應(ying)的(de)抗體在應(ying)用(yong)上(shang)應(ying)該(gai)沒(mei)有(you)太大(da)的困(kun)難，然而(er)，蛋白的(de)構(gou)象(xiang)將(jiang)影響(xiang)抗體與其識(shi)別區(qu)域之間的相(xiang)互作(zuo)用。這(zhe)種情(qing)況(kuang)下(xia)可(ke)能存在的(de)問(wen)題(ti)是如(ru)果在(zai)折(zhe)疊(die)的蛋(dan)白中(zhong)，該識(shi)別區(qu)域被藏(zang)在蛋(dan)白(bai)的(de)內部(bu)，抗體將(jiang)無(wu)法接觸(chu)到該區(qu)域。（無(wu)法產(chan)生相(xiang)互(hu)作(zuo)用）。
2、識(shi)別區(qu)域的選(xuan)擇(ze)原(yuan)則(ze)
壹般說來(lai)的(de)抗原(yuan)性識(shi)別區(qu)域應(ying)具備(bei)親(qin)水、位(wei)於蛋(dan)白表面(mian)和結構(gou)上(shang)易(yi)變(bian)形性等特點。因為在(zai)大(da)多數的天然環(huan)境(jing)中(zhong)，親(qin)水區(qu)域傾(qing)向(xiang)於集(ji)中(zhong)在蛋(dan)白表面(mian)，而(er)疏水(shui)區(qu)域常常(chang)被(bei)包裹(guo)在(zai)蛋(dan)白(bai)內部(bu)，同(tong)樣道(dao)理(li)，抗體只(zhi)能與在(zai)蛋(dan)白表面(mian)發現(xian)的識(shi)別區(qu)域相互(hu)作(zuo)用，而(er)當(dang)這(zhe)些識(shi)別區(qu)域有(you)足夠的結(jie)構(gou)易(yi)變(bian)形性而(er)轉移(yi)到(dao)抗體可接觸(chu)的位(wei)置(zhi)時(shi)，將(jiang)會與抗體間有(you)很高(gao)的(de)親(qin)和性。
3、連續的與不(bu)連續的識(shi)別區(qu)域
連續的區(qu)域是指(zhi)由(you)連續的氨(an)基酸序列構(gou)成(cheng)的識(shi)別區(qu)域。大(da)多數抗體是針(zhen)對連續識(shi)別區(qu)域的，抗體能與這(zhe)類區(qu)域以很高的(de)親(qin)和力相結(jie)合(he)表明(ming)這(zhe)段序列(lie)不(bu)在蛋白內部(bu)。不(bu)連續的識(shi)別區(qu)域是代表有(you)壹定(ding)折疊(die)的(de)壹段多肽(tai)序(xu)列(lie)，或是將(jiang)兩段分離(li)開的(de)多肽(tai)連(lian)在(zai)壹起(qi)的抗體的識(shi)別區(qu)域。在某(mou)些(xie)情(qing)況(kuang)下(xia)，針(zhen)對這(zhe)樣不(bu)連續識(shi)別區(qu)域的抗體也能(neng)產(chan)生，只(zhi)是用來(lai)免(mian)疫(yi)的(de)抗原(yuan)多肽(tai)必(bi)須(xu)具備(bei)與該(gai)不(bu)連續識(shi)別區(qu)域相似的二(er)級結(jie)構(gou)，而(er)序列的(de)長(chang)度(du)需(xu)要符合(he)相(xiang)關的要求(qiu)。
4、基(ji)本建議
為(wei)了避(bi)免(mian)識(shi)別區(qu)域隱藏(zang)在蛋(dan)白(bai)內部(bu)的風(feng)險，我們通常建(jian)議(yi)選擇(ze)蛋白的N，C兩端來(lai)產(chan)生的(de)相(xiang)應(ying)的(de)抗體。因為在(zai)完整的蛋白(bai)中(zhong)，N，C兩端通(tong)常是暴(bao)露(lu)在(zai)蛋(dan)白表面(mian)的(de)。然而(er)，壹定(ding)要註(zhu)意膜蛋白的(de)C端疏水(shui)性太強，不(bu)適合(he)作(zuo)為抗原(yuan)。
5、序(xu)列的長(chang)度(du)
通(tong)常我們建議抗原(yuan)多肽(tai)的(de)序(xu)列長(chang)度(du)在(zai)8-20個氨基酸殘基之間，如果(guo)太短(duan)，就(jiu)有(you)多肽(tai)太(tai)特殊、所產(chan)生的(de)抗體與天然蛋(dan)白(bai)之間的親(qin)和力（結合(he)能(neng)力）不(bu)夠強的(de)風(feng)險，同(tong)樣，如(ru)果(guo)序(xu)列長(chang)度(du)超(chao)過(guo)20，將(jiang)有(you)可能(neng)引入(ru)二(er)級結(jie)構(gou)，所(suo)產(chan)生的(de)抗體失去特異性的可能，而(er)且(qie)肽(tai)鏈(lian)越(yue)長(chang)，通常(chang)合(he)成(cheng)難度(du)增(zeng)大(da)，不(bu)易(yi)獲(huo)得(de)高(gao)純(chun)度(du)的(de)產(chan)品。
6、載(zai)體(ti)蛋(dan)白交聯的選擇
基(ji)本(ben)原(yuan)則(ze)：將(jiang)載體(ti)蛋(dan)白(bai)加在遠(yuan)離抗體識(shi)別區(qu)域的壹端，在(zai)序列中(zhong)沒(mei)有(you)Cys的情(qing)況(kuang)下(xia)在(zai)N或C端加(jia)上Cys為交聯的方(fang)法。
7、常用分析(xi)軟件(jian)
MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM